Tải bản đầy đủ - 0 (trang)
Epigentic có thể hiểu đơn giản là “những thay đổi kiểu hình di truyền ổn định ở chromosome mà không do thay đổi ở chuỗi DNA” [77]. Bình thường, epigenetic có khả năng methyl hóa DNA, thay đổi sau dịch mã, tái cấu trúc nucleosome, điều hòa RNA không mã hóa

Epigentic có thể hiểu đơn giản là “những thay đổi kiểu hình di truyền ổn định ở chromosome mà không do thay đổi ở chuỗi DNA” [77]. Bình thường, epigenetic có khả năng methyl hóa DNA, thay đổi sau dịch mã, tái cấu trúc nucleosome, điều hòa RNA không mã hóa

Tải bản đầy đủ - 0trang

39



Một trong những phương pháp đánh giá tác động của hệ epigenetic là

bisulfite sequencing. Mức độ methyl hóa của đoạn DNA được dựa trên mức

độ methyl hóa của các cytosine. Mức độ methyl hóa càng nhiều thì gen càng dễ

bị bất hoạt. Một số nghiên cứu ghi nhận sự bất thường của hệ này làm bất hoạt

dòng mầm CDH1 hoặc đóng vai trò cơ chế bất hoạt thứ 2, gây ra ung thư [57,

80, 81]

3.7.4.3. Next Generation Sequencing (NGS)

Với yêu cầu giải trình tự tồn bộ hệ gen hiệu quả hơn, rất nhiều nguồn

lực được đổ vào nhằm nâng cao tốc độ giải trình tự gen và giảm giá thành của

phương pháp này. Một trong những ứng dụng quan trọng đóng góp vào q

trình này là sự ra đời của Next generation sequencing (NGS). Công nghệ này

thực sự là một cuộc cách mạng với đặc điểm nổi trội nhờ ưu thế là công suất

cao (high throughput), thời gian ngắn, chi phí ngày càng thấp [82].

Trong các sản phẩm trên thị trường thì 4 phương pháp chính dẫn đầu là

454 Pyrosequencing, Ilumina và SOLiD và Ion Torrent. Dù áp dụng công

nghệ khác nhau nhưng đều trải qua 3 bước chính: chuẩn bị thư viện DNA (cắt

DNA thành các đoạn nhỏ) và gắn lên giá bám, khuếch đại và giải trình tự. Tùy

theo mục đích mà có thể sử dụng NGS trong việc giải mã toàn bộ hệ gen

(whole genome sequencing), toàn bộ đoạn exon (whole exome sequencing)

hoặc các vị trí đặc biệt cần nghiên cứu (target sequencing) [64].



40



Hình 18. Hình ảnh minh họa các bước của NGS





Whole genome sequencing (WGS) và Whole exome sequencing

(WES)

Với khả năng nghiên cứu toàn bộ hệ gen, WGS và WES cũng thường



được áp dụng trong các nghiên cứu SHPT trong ung thư dạ dày [75, 83, 84].

Bên cạnh CDH1 thì còn nhiều gen gây HDGC chưa được tìm ra. WGS và

WES là một trong những phương pháp giúp các nhà khoa học tìm ra được

những khoảng trống đó. Ưu điểm của NGS cũng chính là nhược điểm của nó.

Dữ liệu khổng lồ mà phương pháp này đưa ra gây khó khăn trong việc phân

tích kết quả, xác định đúng loại đột biến gây bệnh. Ngoài ra giá thành cao

cũng là một cản trở cho việc áp dụng rộng rãi phương pháp này trong các

nghiên cứu và thực hành lâm sàng. WES còn một nhược điểm nữa là khơng

bao phủ hết tồn bộ các exon. Chỉ có khoảng 80-90% số exon được giải mã

nên có thể làm tăng nguy cơ xuất hiện âm tính giả. Ngồi ra WES cũng khơng

có khả năng phát hiện được hết các biến thể số lượng bản sao (CNV) [85].

Khả năng ứng dụng rộng rãi cho các bác sĩ lâm sàng cũng là một yếu tố cần

phải lưu ý [86].



41







Pyrosequencing:

Pyrosequencing là một kĩ thuật NGS với ứng dụng chính là phát hiện bất

thường của hệ epigenetics tương tự như kĩ thuật bisulfite sequencing. Tuy

nhiên, pyrosequencing được cho là phương pháp có độ tin cậy cao hơn.

Ngồi ra, chúng còn ưu thế hơn ở khả năng phát hiện methyl hóa DNA mà

khơng cần tạo dòng DNA như bisulfite sequencing [87].

3.8. Tổng hợp nghiên cứu về đột biến gen CDH1 trên thế giới

Theo tổng hợp của tác giả Hansford năm 2015, tính đến nay, có khoảng

155 kiểu đột biến gen CDH1 (bảng 2) đã được phát hiện. Các đột biến chủ

yếu là dạng mất đoạn, theo sau là các dạng đột biến sai nghĩa. Hiện tại các

nghiên cứu tập trung phát hiện các kiểu đột biến gen CDH1 cũng như một số

gen tiền năng khác để bổ sung vào ngân hàng dữ liệu về bệnh.

Bảng 2. Tổng hợp các đột biến gen CDH1 gây bệnh

Đột biến gen CDH1

5'UTR(-117)G>A

5'UTR(-71)C > G

-63C>A

chr16:del 67328695-67328



Vị trí

Promoter

Promoter

Promoter

5'UTR và



844 (150bp)

chr16:del 67324886-



Exon 1

Exon 1 và



67330557 (5671bp)

chr16:del 67193822-



2

Exon 1 và



67387415 (193 593bp)



2

Exon 1 và



1-?_163+?del

2T>C (M1T)

3G>A (start site) (M1I)

3G>C (start site) (M1I)



2

Exon 1

Exon 1

Exon1



8C>G (P3R)



Exon 1



41delT



Exon 1



Kiểu đột biến

5'UTR-chưa phân loại

5'UTR-Chưa phân loại

5'UTR-Chưa phân loại



TLTK

[60]

[60, 88]

[89]



Mất đoạn lớn



[73]



Mất đoạn lớn



[73]



Mất đoạn lớn



[73]



Mất đoạn lớn



[62]



ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-chưa phân



[90]

[62]

[68]



loại

Mất đoạn



[91]

[60]



42



44_46delTGC

45_46insT

46_48insTGC

48+1G>A

49-2A>G

49-2A>C

53delC

55_74del20

59G>A

67C>T

70G>T



Exon 1

Exon 1

Exon 1

Intron 1

Intron 1

Intron 1

Exon 2

Exon 2

Exon 2

Exon 2

Exon 2



Mất đoạn

Thêm đoạn

Thêm đoạn

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

Mất đoạn

Mất đoạn

ĐB vơ nghĩa

ĐB vô nghĩa

ĐB vô nghĩa

ĐB sai nghĩa-chưa phân



79C>T (P27S)



Exon 2



88C>A (P30T)



Exon 2



185G>T (G62V)



Exon 3



187C>T



Exon 3



ĐB vô nghĩa



190C>T



Exon 3



ĐB vô nghĩa



283C>T



Exon 3



ĐB vô nghĩa



286A>G (I96V)



Exon 3



353C>G (T118R)

164-?_387+?del

164-?_387+?del

377delC

382delC

447_453delCAGAAGA

469delG

489C>A



Exon 3

Exon 3

Exon 3

Exon 3

Exon 3

Exon 4

Exon 4

Exon 4



515C>G (P172R)



Exon 4



517insA

531+2T>A



Exon 4

Intron 4



loại

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại



ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

Mất đoạn lớn

Mất đoạn lớn

Mất đoạn

Mất đoạn

Mất đoạn

Mất đoạn

ĐB vô nghĩa

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

Thêm đoạn

ĐB vị trí nối



[92]

[93]

[90]

[62]

[34, 94]

[95]

[96]

[97]

[34]

[98]

[62]

[91]

[99, 100]

[68, 97,

101]

[98]

[7, 101103]

[62]

[95, 104]

[76]

[103]

[7, 70]

[62, 105]

[62]

[103]

[97]

[88]

[106]

[107]



43



532-18C>T



Intron 4



554A>T (E185V)



Exon 5



586G>T



Exon 5



604G>A (V202I)



Exon 5



641T>C (L214P)



Exon 5



670C>T (R224C)



Exon 5



687+1G>A

687+1G>T



Intron 5

Intron 5



695C>G (S232C)



Exon 6



715G>A



Exon 6



731A>G (D244G)



Exon 6



753insG



Exon 6



808T>G (S270A)



Exon 6



811_812delins12



Exon 6



820G>A (G274S)



Exon 6



832G>A

832+1G>T

833-2A>G



Exon 6

Exon 6

Intron 6



892G>A (A298T)



Exon 7



940A>T

1003C>T

1008G>T



Exon 7

Exon 7

Exon 7



ĐB vị trí nối

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB vô nghĩa

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-ĐB vị trí

nối

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

Thêm đoạn

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

Mất đoạn-Thêm đoạn

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB vơ nghĩa

ĐB vơ nghĩa

ĐB sai nghĩa-ĐB vị trí



[108]

[109]

[98]

[92]

[100,

104]

[89]

[105]

[62]

[109]

[7, 95,

110]

[111]

[90]

[112]

[97]

[113]

[93, 114]

[62, 103]

[115]

[100,

104,

105]

[62]

[68, 110]

[25]



44



1008+1G>A

chr 16: del 6884568968869444 (275kb)

1009-2delAG

1009-2A>G

1005delA

1018A>G (T340A)

1023T>G

1063delT

1064_1065insT

1107delC

1118C>T (P373L)

1134del8,ins5

1137G>A

1137G>T

1137+1G>A

1189A>T

1212delC



nối

ĐB vị trí nối



[103]



Exon 7-16 Mất đoạn lớn



[76]



Exon 7



Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Exon 8

Intron 8

Exon 9

Exon 9



1223C>T (A408V)



Exon 9



1226T>C (W409R)



Exon 9



1243A>C (I415L)



Exon 9



1285C>T (P429S)



Exon 9



1297G>A (D433N)



Exon 9



1302_1303insA,



ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB vơ nghĩa

Mất đoạn

Thêm đoạn

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vô nghĩa

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-chưa phân



[62]

[116]

[93, 100]

[90]

[68]

[105]

[95]

[117]

[97]

[95]

[62]

[98]

[62]

[76, 105]



loại

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-chưa phân



[103]



loại

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-chưa phân



[68]



loại



[91]



[118]



[91]



1306_1307delTT

1397_1398delTC

1404delC



Exon 9



Thêm đoạn-Mất đoạn



[119]



Exon 10

Exon 10



[95]

[97]



1460T>C (V487A)



Exon 10



Mất đoạn

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-chưa phân



1466_1467insC

1470_1483del14

1472_1473insA



Exon 10

Exon 10

Exon 10



loại

Thêm đoạn

Mất đoạn

Thêm đoạn



[111]

[103]

[93]



45



1476_1477delAG

1488_1494delCGAGGAC

1507C>T

1565+1G>A

1565+1G>C

1565+1G>T



Exon 10

Exon 10

Exon 10

Intron 10

Intron 10

Intron 10



1565+2dupT



Intron 10



1566-?_1711+?del

1566-?_1711+?del

1582delG

1588_1589insC

1595G>A

1610delC

1619_1620insG



Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 11



1679C>G



Exon 11



1682_1683insA

1710delT

1711_1712insG

1711+5G>A

1734delC

1748T>G (L583R)



Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 11

Exon 12



1774G>A (A592T)



Exon 12



1779_1780insC

1792C>T



Exon 12

Exon 12



1795A>T (T599S)



Exon 12



1813A>G (R605G)



Exon 12



1849G>A (A617T)



Exon 12



1876T>A (F626V)



Exon 12



1895_1896delAC



Exon 12



Mất đoạn

Mất đoạn

ĐB vơ nghĩa

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

Thêm đoạn/ĐB vị trí

nối

Mất đoạn lớn

Mất đoạn lớn

Mất đoạn

Thêm đoạn

ĐB vô nghĩa

Mất đoạn

Thêm đoạn

ĐB sai nghĩa-ĐB vị trí

nối

Thêm đoạn

Mất đoạn

Thêm đoạn

ĐB vị trí nối

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

Thêm đoạn

ĐB vô nghĩa

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

Mất đoạn



[97, 103]

[98]

[62]

[62]

[62]

[62]

[103]

[120]

[102]

[98]

[103]

[70]

[103]

[7]

[96]

[105]

[97]

[100]

[105]

[68]

[98]

[91]

[100]



46



1901C>T



Exon 12



1913G>A

1942G>T

2058_2059delTG

2064_2065delTG

2095C>T

2100delT

2161C>G

2164+2T>A

2164+5G>A



Exon 12

Exon 13

Exon 13

Exon 13

Exon 13

Exon 13

Exon 13

Exon 13

Exon 13



2195G>A



Exon 14



2245C>T (R749W)



Exon 14



2248G>A



Exon 14



2265T>A

2269G>A (E757K)

2275G>T

2276delG

chr16:del 67416845-



Exon 14

Exon 14

Exon 14

Exon 14

Exon 14-



67424923 (8078bp)

2287G>T

2295+5G>A

2310delC



16

Exon 14

Intron 14

Exon 15



2329G>A (D777N)



Exon 15



2343A>T (E781D)

2381_2382insC

2386delC

2396C>G (P799R)

2398delC

2399delG

2400delG



Exon 15

Exon 15

Exon 15

Exon 15

Exon 15

Exon 15

Exon 15



2413G>A (D805N)



Exon 15



2430delT



Exon 15



ĐB sai nghĩa-ĐB vị trí

nối

ĐB vơ nghĩa

ĐB vơ nghĩa

Mất đoạn

Mất đoạn

ĐB vơ nghĩa

Mất đoạn

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB vị trí nối

ĐB sai nghĩa-ĐB vị trí

nối

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

ĐB vô nghĩa

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

ĐB vô nghĩa

Mất đoạn



[95]

[7]

[62]

[68]

[95]

[62]

[68]

[103]

[7]

[7]

[7]



[62]

[73]

[68]



Mất đoạn lớn



[73]



ĐB vơ nghĩa

ĐB vị trí nối

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-chưa phân



[96]

[105]



loại

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

Thêm đoạn

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh

Mất đoạn

Mất đoạn

Mất đoạn

ĐB sai nghĩa-chưa phân

loại

Mất đoạn



[7]

[25]

[103]

[100]

[7]



[62]

[62]



47



2440-6C>G

2494G>A (V832M)

chr16:del 6742429867425126 (828 bp)



Intron 15

Exon 16



ĐB vị trí nối

ĐB sai nghĩa-Gây bệnh



[100]



Exon 16



Mất đoạn lớn



[73]



Điểm yếu chung của các nghiên cứu về bệnh này đều là số lượng bệnh

nhân ít, gây khó khăn trong thu thập mẫu và tiến hành các nghiên cứu có giá

trị và độ tin cậy cao. Phần lớn các công bố chỉ áp dụng phương pháp PCR

truyền thống và direct sequencing nhằm tìm bất thường của gen CDH1. Việc

áp dụng các phương pháp như NGS nhằm tìm đột biến gen mới ít được áp

dụng do chi phí cao. Tuy vậy trong tương lai, những phương pháp tân tiến cần

được áp dụng nhằm tìm ra các bất thường mới và nâng cao hiểu biết về bệnh.

3.9. Nghiên cứu về đột biến gen CDH1 tại Việt Nam

Tại Việt Nam chưa có nhiều cơng trình nghiên cứu về vấn đề này. Theo

tìm hiểu của tác giả, hiện tại có đề tài “Nghiên cứu đột biến ở một số vùng

trọng điểm và mức độ methyl hóa gen CDH1 ở bệnh nhân ung thư dạ dày lan

tỏa di truyền” của tác giả Ngô Diệu Hoa nghiên cứu về bệnh này. Nghiên cứu

được thực hiện trên 16 bệnh nhân đáp ứng tiêu chuẩn của chẩn đoán HDGC

của hội IGCLC, đánh giá đột biến gen CDH1 tập trung trên exon 9 và 15 và

đánh giá độ methyl hóa ở vùng promoter của CDH1. Theo đó kết quả nghiên

cứu đã xác định được 1 bệnh nhân (chiếm 6,25%) có đột biến gen CDH1 ở

exon 09 và là đột biến mới chưa được công bố.



48



KẾT LUẬN

Ung thư dạ dày là một trong những ung thư phổ biến thứ 5 trên thế giới,

với 923000 trường hợp mắc mới và 723000 trường hợp tử vong mỗi năm. Tuy

tỷ lệ mắc UTDD giảm dần, đây vẫn là một vấn đề được quan tâm hàng đầu.

Trong đó UTDD do yếu tố di truyền, cụ thể là UTDD lan tỏa di truyền

(HDGC) đang được chú ý nhiều hơn vì tính chất phức tạp của nó. Tuổi khởi

phát bệnh trung bình là 38 tuổi (dao động từ 14-69 tuổi) với nguy cơ mắc

UTDD tích lũy là 70% ở nam và 56% ở nữ khi đến 80 tuổi.

Những bệnh nhân có UTDD cần được đánh giá theo hướng dẫn đồng

thuận năm 1999 hoặc 2010 của tổ chức IGCLC để sàng lọc. Sau đó, các đối

tượng đáp ứng tiêu chuẩn sẽ được đánh giá nhằm phát hiện đột biến gen

CDH1 bằng kĩ thuật sinh học phân tử, chủ yếu bằng phương pháp PCR thông

thường kết hợp giải trình tự gen và MLPA. Thơng thường, khoảng 30-35%

đối tượng tìm thấy đột biến gen CDH1. Với những trường hợp còn lại, các

nghiên cứu vẫn chưa tìm ra đột biến gây bệnh. Một số phương pháp như

pyrosequencing, next generation sequencing… đang được các nghiên cứu áp

dụng để trả lời cho câu hỏi này.

UTDD lan tỏa di truyền là một bệnh tương đối hiếm. Hiện tại, chưa có

nghiên cứu nào đánh giá điều trị riêng cho các bệnh nhân được chẩn đốn

UTDD lan tỏa di truyền có hoặc khơng có đột biến gen CDH1. Nhìn chung,

với UTDD lan tỏa thì hiệu quả điều trị còn khá thấp dù áp dụng điều trị phẫu

thuật kèm hóa chất bổ trợ. Cắt dạ dày toàn bộ là phương pháp duy nhất được

khuyến cáo nhằm dự phòng khả năng mắc ung thư dạ dày trong tương lai. Tuy

còn một số điều chưa thống nhất nhưng các nghiên cứu đều xác định phải áp

dụng điều trị dự phòng và có thể thực hiện mà không cần kết quả nội soi. Kết

quả điều trị khá tích cực với nguy cơ tử vong là dưới 1%. Nhưng các bệnh



49



nhân sẽ gặp những biến chứng sau phẫu thuật như đau bụng sau ăn, đầy bụng,

khó tiêu, khơng dung nạp lactose, , chứng hôi miệng, kém hấp thu chất béorối

loạn tiêu hóa..

Tư vấn di truyền là hoạt động rất cần thiết cho bệnh nhân và cả với gia

đìnhcủa bệnh nhân. Các gia đình có người bị đột biến gen CDH1 cần được

phân tích phả hệ ít nhất là ba thế hệ và làm mô bệnh học để chẩn đoán ung

thư dạ dày lan tỏa. Trong các buổi tư vấn, 6 vấn đề chính cần tập trung, đó là:

hiểu về nguy cơ mắc ung thư, các vấn đề thực tiễn (bảo hiểm, cơng việc…),

các vấn đề về gia đình (giao tiếp, trách nhiệm), các vấn đề với con cái (lo lắng

về nguy cơ mắc của con…), chung sống với ung thư và vấn đề tâm lý (trầm

cảm, lo âu, tức giận, cảm giác mất mát…) [6].

Tóm lại, tuy đã có nhiều bước tiến trong phát hiện, dự phòng và điều trị

bệnh HDGC nói chung và CDH1 nói riêng, vẫn còn nhiều vấn đề thiết yếu

cần được nghiên cứu để hoàn thiện hiểu biết về vấn đề này.



Tài liệu bạn tìm kiếm đã sẵn sàng tải về

Epigentic có thể hiểu đơn giản là “những thay đổi kiểu hình di truyền ổn định ở chromosome mà không do thay đổi ở chuỗi DNA” [77]. Bình thường, epigenetic có khả năng methyl hóa DNA, thay đổi sau dịch mã, tái cấu trúc nucleosome, điều hòa RNA không mã hóa

Tải bản đầy đủ ngay(0 tr)

×