Tải bản đầy đủ - 0 (trang)
Sử dụng phần mềm Quantum GIS để mô tả mức độ và sự phân bố của PCV2 ở lợn nuôi tại Việt Nam.

Sử dụng phần mềm Quantum GIS để mô tả mức độ và sự phân bố của PCV2 ở lợn nuôi tại Việt Nam.

Tải bản đầy đủ - 0trang

Bảng 3.5. Tóm tắt thơng tin trình tự gen ORF2 của các chủng PCV2d dùng

phân tích đặc điểm dịch tễ học theo không gian - thời gian

Năm



Châu Âu

Bỉ



Cr



Đức



Italy



Châu Mỹ



Châu Á

Ro



Ser



2003



TQ







Indo



1



HQ



ĐL



TL



Bra



1



2005



2



2006



4



2007



12



2009



Mỹ



1



2004



2008



VN



1

1



1



15



1



22



2010



1



2



2011



1



6



2012

2013



2



2014



3



2



2



1

1



2

3

1



18



6



3



1



9



2



1



30



5



3



24



18



34



1



35



2016



2



4

1



3



2017



5



2



32



2015



1



1



4

3



3



1



3



4



1



6



29



1



5



1



Ghi chú: Croatia (Cr), Romania (Ro), Serbia (Ser), Trung Quốc (TQ), Ấn Độ (AĐ), Indonesia (Indo),

Hàn Quốc (HQ), Đài Loan (ĐL), Thái Lan (TL), Việt Nam (VN), Braxin (Br). Chữ số trong các ơ là số

lượng trình tự gen ORF2 thu thập được tại mỗi quốc gia/ vùng lãnh thổ, tương ứng ở các năm.



- Cơ sở dữ liệu dùng cho phân tích là 617 trình tự gen ORF2 của các chủng

thuộc genotype PCV2b thu được trong nghiên cứu này hoặc truy cập từ ngân

hàng gen.



43



Bảng 3.6. Tóm tắt thơng tin trình tự gen ORF2 của các chủng PCV2b dùng phân tích đặc điểm dịch tễ học

theo khơng gian - thời gian

Châu Mỹ



Năm

Br



44



1998

2002

2003

2004

2005

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016

2017



Ca



Cu



Châu Á



Ug



Us



2

3

2

1

2



6

1

1

2



3

3



1

3

1

2



4

6

3

3

9



TQ

7

1

25

33

36

51

45

15

19

21

13

19

15

17

13







Nb



HQ



ML



ĐL



VN



Bỉ



Cr



Dm



Fr



Đu



2

14



HL



Hu



It



1



6



3

1



1

12

2

1

1



2



3



5

1



1



1

18



2

2



1



6

1



9

4

1

9

7

4

1



Ne



Po



SL



SP



Sw



Si



Uk



Ur



1

7

1

8

4

1

3



1

2

1

1

3



1

2

2

1

4

2

1

1



1

1

4

4



1

2



1

1

1



1



3

5

1



1



Ghi chú: Braxin (Br), Canada (Ca), Cuba (Cu), Uruguay (Ug), Mỹ (Us), Trung Quốc (TQ), Ấn Độ (AĐ), Nhật Bản (Nb), Hàn Quốc (HQ), Malaysia (ML), Đài Loan

(ĐL), Việt Nam (VN), Croatia (Cr), Đan Mạch (Dm), Pháp (Fr), Đức (Đu), Hy Lạp (HL), Hungary (Hu), Italy (It), Hà Lan (Ne), Bồ Đào Nha (Po), Slovakia (SL), Tây

Ban Nha (SP), Thụy Điển (Sw), Thụy sỹ (Si), Anh (Uk), Ukraine (Ur), Australia (Au). Chữ số trong các ô là số lượng trình tự gen ORF2 thu thập được tại mỗi quốc

gia/ vùng lãnh thổ, tương ứng ở các năm.



44



Au



1

4



16



12



Châu

Úc



Châu Âu



Các bước thực hiện được tóm tắt như sau:

- Sàng lọc và giữ lại các trình tự có đầy đủ thơng tin về địa điểm phân lập

(quốc gia) và năm phân lập (trình bày ở bảng 3.2).

- Sử dụng phần mềm BEAST (Drummond et al., 2012) để xây dựng lại quá

trình phát tán (dispersal pathway) của các chủng PCV2d theo không gian và thời

gian (spatio-temporal dynamics), với các tham số của mơ hình dựa theo kết quả

nghiên cứu trước đây (Lemey et al., 2009).

- Sử dụng chương trình SpreaD3 (Bielejec et al., 2016) để tính tốn giá trị

Bayes factor (cho biết mức tin cậy của dự đoán các con đường phát tán). Giá trị

BF trong khoảng BF > 150, 3 < BF < 150 và 1 < BF < 3 lần lượt ứng với mức dự

đốn có độ tin cậy cao, có căn cứ và chưa đủ căn cứ về con đường phát tán (Kass

và Raftery, 1995).

3.5.11. Phương pháp đo lường tính đa dạng về di truyền

Sử dụng phương pháp Principal Coordinate Analysis (PCoA) để phân tích

sự đa dạng về trình tự nucleotide gen ORF2 của 64 chủng PCV2 phân lập ở Việt

Nam từ 2004 đến 2017. Tham số đầu vào cho phân tích PCoA là ma trận về

khoảng cách di truyền (distance matrix) được tính từ các trình tự gen đã sắp xếp

(alignment) theo mơ hình Kimura-2 parameter mơ phỏng sự thay đổi của

nucleotide.

Các bước được thực hiện bằng phần mềm PAST phiên bản 3.15 (Hammer

et al., 2001).

3.5.12. Phương pháp xử lý số liệu

Số liệu được xử lý bằng phần mềm MS Excel 2010; so sánh sự sai khác

giữa các yếu tố bằng phép thử χ2 (phần mềm Minitab 14.0) và phép thử Fisher

Exact Test (phần mềm SAS 9.1).



45



PHẦN 4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN

4.1. SỰ LƯU HÀNH PCV2 Ở LỢN NUÔI TẠI VIỆT NAM

4.1.1. Kết quả nghiên cứu sự lưu hành PCV2 theo địa phương

Nghiên cứu này đã lấy mẫu để nghiên cứu sự lưu hành PCV2 đồng thời ở

ba miền Bắc - Trung - Nam và trong khoảng thời gian từ 2015-2018 được trình

bày ở hình 4.1 và bảng 4.1.



A



2006



B



2012



C



2015



D



2018



E



2018



F



2015-2018



Phạm vi lấy mẫu của các nghiên cứu trước đây: (A) Nguyễn Thị Thu Hồng và cs. (2006), (B) Huỳnh Thị

Mỹ Lệ và cs. (2012), (C) Bùi Trần Anh Đào và cs. (2015), (D) (Phạm Hoàng Sơn Hưng và cs. (2018), (E)

Lê Thị Thu Phương và cs. (2018). Phạm vi lấy mẫu của đề tài này (F).



Hình 4.1. Kết quả so sánh về phạm vi lấy mẫu phát hiện PCV2



46



Các nghiên cứu về lưu hành PCV2 trước đây chủ yếu được thực hiện tại

một vùng miền nhất định. Ở miền Nam, mẫu được lấy tập trung tại thành phố Hồ

Chí Minh và các tỉnh phụ cận ở miền Nam (Nguyễn Thị Thu Hồng và cs., 2006;

Lâm Thị Thu Hương và cs, 2005; Lê Tiến Dũng, 2006; Lê Thị Thu Phương và cs,

2018). Ở miền Trung, mẫu được lấy tại tỉnh Nghệ An (Phạm Hoàng Sơn Hưng

và cs., 2018). Ở miền Bắc, mẫu được lấy tại Hà Nội, Hải Dương, Bắc Ninh, Hải

Phòng, Thái Bình.... (Huỳnh Thị Mỹ Lệ và cs, 2012; Bùi Trần Anh Đào và cs.

2015). Với phạm vi thu thập mẫu đại diện cho 3 miền, nghiên cứu này sẽ làm đầy

đủ hơn thông tin về sự phân bố PCV2 ở Việt Nam.

Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 ở lợn nuôi tại 14 tỉnh đại diện cho ba

miền Bắc – Trung – Nam được trình bày ở bảng 4.1.

Bảng 4.1. Kết quả xác định sự có mặt của PCV2 từ các địa phương

TT



Tỉnh



Số mẫu xét

nghiệm



Số mẫu

dương tính



Tỷ lệ (%) dương tính

(95%CI)



1



Bắc Ninh



25



8



32,00 (14,95 – 53,50)



2



Hải Dương



25



6



24,00 (9,36 – 45,13)



3



Hòa Bình



25



10



40,00 (21,13 – 61,33)



4



Hà Nội



25



22



88,00 (68,78 – 97,45)



5



Hải Phòng



25



4



16,00 (4,54 – 36,08)



6



Hưng Yên



25



8



32,00 (14,95 – 53,50)



7



Thái Nguyên



25



5



20,00 (6,83 – 40,70)



8



Hà Tĩnh



25



13



52,00 (31,31 – 72,20)



9



Quảng Trị



25



14



56,00 (34,93 – 75,60)



10



Thừa Thiên Huế



25



9



36,00 (17,97 – 57,48)



11



Quảng Nam



25



13



52,00 (31,31 – 72,20)



12



Bình Dương



25



11



44,00 (24,40 – 65,07)



13



Tiền Giang



25



14



56,00 (34,93 – 75,60)



14



Vĩnh Long



25



7



28,00 (12,07 – 49,39)



350



144



41,14



Tổng hợp



47



Tài liệu bạn tìm kiếm đã sẵn sàng tải về

Sử dụng phần mềm Quantum GIS để mô tả mức độ và sự phân bố của PCV2 ở lợn nuôi tại Việt Nam.

Tải bản đầy đủ ngay(0 tr)

×