Tải bản đầy đủ - 0 (trang)
Nhìn chung, các giống sắn khác nhau có thể được phân biệt qua đặc điểm hình thái trên một số cơ quan chính, bao gồm lá đỉnh, lá trưởng thành, thân, rễ (Chu Đức Hà và cs., 2015). Một số đặc điểm hình thái được đánh giá là ổn định và hầu như ít th

Nhìn chung, các giống sắn khác nhau có thể được phân biệt qua đặc điểm hình thái trên một số cơ quan chính, bao gồm lá đỉnh, lá trưởng thành, thân, rễ (Chu Đức Hà và cs., 2015). Một số đặc điểm hình thái được đánh giá là ổn định và hầu như ít th

Tải bản đầy đủ - 0trang

Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



giống sắn chịu ảnh hưởng bởi đặc điểm di truyền và điều kiện ngoại cảnh.

Mỗi giai đoạn sinh trưởng khác nhau chiều cao cây khác nhau và chiều cao

tăng dần theo thời gian sinh trưởng.

Rễ con là rễ ở mô phân sinh. Rễ con lúc đầu mọc dài theo hướng

ngang sau đó phát triển theo hướng xuyên xuống sâu. Rễ cái đối với cây

mọc từ hạt mọc theo hướng thẳng đứng và từ rễ cái sẽ mọc ra nhiều rễ con.

Rễ con chủ yếu làm nhiệm vụ hút nước và dinh dưỡng để nuôi cây. Rễ con

nếu gặp điều kiện không thuận lợi sẽ mọc đâm sâu để hút nước và dinh

dưỡng. Rễ củ được hình thành do sự phình to và tích lũy tinh bột của rễ

con. Rễ con tập trung được nhiều dinh dưỡng, khi gặp điều kiện thuận lợi

tượng tầng sẽ phát triển mạnh tạo thành củ. Những rễ con phát triển ở

những mô phân sinh thường tập trung nhiều dinh dưỡng nên phần lớn

những rễ này dễ phát triển thành củ. Củ thường phát triển theo hướng nằm

ngang hoặc chếch xuyên sâu vào đất. (Đinh Thế Lộc và cs., 1997). Hai loại

rễ này không khác nhau về cấu tạo và đều có thể phát triển thành củ, nhưng

thực tế, đa số củ được hình thành là rễ của mô phân sinh.

1.3.2.2. Đặc điểm di truyền học của cây sắn

Sắn là cây đa bội thể phức tạp, có 36 nhiễm sắc thể (NST). Sắn có

phổ thích nghi rộng, có khả năng giữ được các đặc tính ưu tú thơng qua

phương pháp chọn lọc và nhân giống vơ tính, vì vậy rất thuận lợi cho cơng

tác cải tiến giống (Hoàng Kim và cs., 1996).

Các giống sắn trên thế giới được nghiên cứu chủ yếu ở trung tâm

Nông nghiệp nhiệt đới quốc tế (International center for tropical agriculture,

CIAT) tại Colombia và Thái Lan, viện Nông nghiệp nhiệt đới quốc tế

(International institute of tropical agriculture, IITA) tại Nigeria, cùng với

viện nghiên cứu quốc gia và các trường đại học ở những nước trồng, tiêu

thụ nhiều sắn. CIAT, IITA đã có những chương trình nghiên cứu rộng lớn

về thu thập, nhập nội, chọn tạo và cải tiến giống sắn, kết hợp với các

chương trình sắn quốc gia.

Khóa luận tốt nghiệp



19



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



Cơ sở dữ liệu về genome sắn khai thác từ giống AM560-2 được lấy

từ CIAT (Bredeson et al., 2016). Kích thước genome sắn ước tính đạt

khoảng ~ 772 Mb (Awoleye et al., 1994), tuy nhiên khoảng 582,25 Mb

trình tự của genome sắn trên 18 nhiễm sắc thể gần đây mới được nhóm

nghiên cứu của Bredeson cơng bố (Bredeson et al., 2016). Mặc dù chưa đầy

đủ nhưng kích thước genome này có thể đại diện cho gần như tất cả các

vùng di truyền của genome và phần còn thiếu chính là các chuỗi trình tự

lặp lại chưa được sắp xếp.

Trong nghiên cứu mới nhất về giải trình tự genome của cây sắn,

chiều dài của 18 NST của cây sắn đạt khoảng 582,25 Mb với 2001

scaffolds chưa được định danh trên các NST. Trong đó, khoảng 495,48 Mb

được sắp xếp trong 40044 contigs, trong khi tỷ lệ G≡C đạt 35,9%. Có tổng

cộng 30003 loci chứa bản sao mã protein, 85665 thẻ trình tự được biểu

hiện, chiếm 91,8% trình tự có sẵn đã được xác định nhằm cung cấp dữ liệu

để tiến hành lập bản đồ gene sắn. Kết quả này cho thấy sự xuất hiện gần

như tồn genome mã hóa protein trong quá trình sắp xếp (Bredeson et al.,

2016).

1.3.3. Vai trò của cây sắn

Sắn là cây trồng có nhiều cơng dụng trong chế biến công nghiệp,

thức ăn gia súc và lương thực thực phẩm. Thành phần dinh dưỡng của củ

sắn tươi có tỷ lệ chất khơ 38 - 40%, tinh bột 16 - 32%, giàu vitamin B,

vitamin C, canxi và các chất khoáng, nghèo chất béo, muối khoáng và

nghèo đạm. Trong củ sắn, hàm lượng các amino acid không được cân đối,

thừa arginine nhưng lại thiếu các amino acid chứa lưu huỳnh (Hoàng Kim

và cs., 1996). Thành phần dinh dưỡng khác biệt tuỳ giống, thời vụ trồng, số

tháng thu hoạch sau khi trồng và kỹ thuật phân tích. Lá sắn có hàm lượng

đạm khá cao, nhiều chất bột, chất khống và vitamin. Chất đạm của lá sắn

có khá đầy đủ các amino acid cần thiết, giàu lysine nhưng thiếu

methionine. Trong lá sắn ngoài các chất dinh dưỡng, cũng chứa một lượng

độc tố HCN (hydrocyanic acid) đáng kể. Các giống sắn ngọt có 80 - 110

Khóa luận tốt nghiệp



20



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



mg HCN/kg lá tươi. Các giống sắn đắng chứa 160 - 240 mg HCN/kg lá

tươi (Hoàng Kim và cs., 1996).

Củ sắn được dùng để chế biến tinh bột, sắn lát khô, bột sắn nghiền

hoặc dùng để ăn tươi. Từ củ sắn tươi hoặc từ các sản phẩm sắn sơ chế tạo

thành hàng loạt các sản phẩm công nghiệp như bột ngọt, rượu cồn, mì ăn

liền, glucose, siro, bánh kẹo, mạch nha, kỹ nghệ chất dính (hồ vải, dán gỗ),

bún, miến, mì ống, mì sợi, hạt trân châu, phụ gia thực phẩm, túi nilon sinh

học và chất giữ ẩm cho đất. Củ sắn cũng là nguồn nguyên liệu chính để làm

thức ăn gia súc. Thân sắn dùng để làm giống, nguyên liệu cho công nghiệp

xenlulose, làm nấm, làm củi đun. Lá sắn non dùng làm rau xanh giàu đạm.

Lá sắn dùng trực tiếp để nuôi tằm, nuôi cá. Bột lá sắn hoặc lá sắn ủ chua

dùng để nuôi lợn, gà, trâu bò, dê. Hiện tại, sản phẩm sắn ngày càng thông

dụng trong buôn bán, trao đổi thương mại quốc tế.



Khóa luận tốt nghiệp



21



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Vật liệu nghiên cứu

Dữ liệu nghiên cứu bao gồm hệ gene và hệ protein của giống sắn mơ

hình AM560-2 (Bredeson et al., 2016).

Trình tự gene và protein của 17 thành viên tiểu phần NF-YB ở sắn

được thu thập từ nghiên cứu trước đây (Chu Đức Hà và cs., 2017b).

Bảng 2.1. Thông tin về chú giải của họ gene mã hóa tiểu phần NF-YB

ở sắn (Chu Đức Hà và cs., 2017b).

STT

Tên gene

Tên locus

Mã định danh

1

MeNF-YB1

Manes.01G215700

cassava4.1_022353m

2



MeNF-YB2



Manes.01G022100



cassava4.1_018152m



3



MeNF-YB3



Manes.03G193600



cassava4.1_018746m



4



MeNF-YB4



Manes.03G141500



cassava4.1_025848m



5



MeNF-YB5



Manes.05G117400



cassava4.1_018195m



6



MeNF-YB6



Manes.05G065300



cassava4.1_029071m



7



MeNF-YB7



Manes.08G002900



cassava4.1_017350m



8



MeNF-YB8



Manes.08G068800



cassava4.1_032889m



9



MeNF-YB9



Manes.08G119800



cassava4.1_026425m



10



MeNF-YB10



Manes.09G168700



cassava4.1_032284m



11



MeNF-YB11



Manes.09G080600



cassava4.1_017418m



12



MeNF-YB12



Manes.10G041500



cassava4.1_017552m



13



MeNF-YB13



Manes.11G162100



cassava4.1_017996m



14



MeNF-YB14



Manes.12G066300



cassava4.1_016584m



15



MeNF-YB15



Manes.12G157600



cassava4.1_024313m



16



MeNF-YB16



Manes.13G077500



cassava4.1_026597m



17



MeNF-YB17



Manes.15G013700



cassava4.1_026290m



- Các công cụ và cơ sở dữ liệu:

+ Phytozome (https://phytozome.jgi.doe/) (Goodstein et al., 2012).

+ Expasy (https://www.expasy.org/) (Gasteiger et al., 2003).

+ PlantCARE (http://bioinformatics.psb.ugent/) (Lescot et al., 2002).

Khóa luận tốt nghiệp



22



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nơng - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



+ Phần mềm MEGA 6.0 (Kumar et al., 2016).

+ Ngân hàng biểu hiện toàn bộ genome trên một số mẫu mô và cơ

quan quan trọng trên cây sắn (GEO accession: GSE82279).

2.2. Phương pháp nghiên cứu

2.2.1. Phương pháp phân tích đặc tính protein của tiểu phần NF-YB ở sắn

- Mã định danh họ gene NF-YB ở sắn được thu thập từ nghiên cứu

trước (Chu Đức Hà và cs., 2017b).

- Trình tự amino acid của các protein NF-YB ở sắn được thu thập

trên cơ sở dữ liệu Phytozome (Goodstein et al., 2012).

- Một số đặc tính, bao gồm số lượng amino acid, trọng lượng phân tử

(molecular weight, mW), điểm đẳng điện (isoelectric point, pI), chỉ số bất ổn

định (Instability index) và độ ưa nước (grand average of hydropathicity,

GRAVY) được xác định bằng cách đưa trình tự amino acid của các protein NFYB vào công cụ Expasy (Gasteiger et al., 2003).

- Phân tích số liệu Excel.

2.2.2. Phương pháp dự đốn yếu tố điều hòa cis- trên vùng promoter của

gene mã hóa NF-YB ở sắn

- Mã định danh họ gene NF-YB ở sắn được thu thập từ nghiên cứu

trước (Chu Đức Hà và cs., 2017b).

- Vùng trình tự 1000 bp trên vùng promoter của các gene mã hóa

NF-YB ở sắn được thu thập trên Phytozome (Goodstein et al., 2012).

- Yếu tố điều hòa cis- (cis- regulatory element, CRE) được dự đốn

bằng cơng cụ PlantCARE (Lescot et al., 2002).

- Các CRE được tìm kiếm và có thể phân loại theo chức năng thành 4

nhóm chính, bao gồm nhóm CRE liên quan đến phản ứng ánh sáng ở cây,

nhóm CRE có liên quan đến mức độ biểu hiện đặc thù ở các mơ, nhóm CRE

đáp ứng với hormone và nhóm CRE đáp ứng với điều kiện ngoại cảnh bất lợi.

- Phân tích số liệu Excel để dự đoán các CRE đáp ứng hormone và điều

kiện ngoại cảnh bất lợi trên vùng promoter của gene mã hóa NF-YB ở sắn.

Khóa luận tốt nghiệp



23



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nơng - Lâm Bắc Giang

Nơng học



Khoa



Bảng 2.2. Một sớ CRE cơ bản

STT



Tên



Trình tự

bảo thủ



1



Hộp CAAT



CAAAT



2



Hộp TATA



TATAAT



3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13



Hộp I

Hộp G

ABRE

ERE

GARE

AURE

SARE

MeJARE

HSE

LTRE

Trình tự lặp giàu TC



14



MBS



AAGATAAGGCT

CACGTC

GAACCGTGGC

ATTTCAAA

AAACAGA

AACGAC

CCATCTTTTT

CGTCA

AGAAAATTCG

CCGAAA

ATTTTCTTCA

CAACTG



Chức năng

Cung cấp vị trí gắn cho RNA polymerase

Giúp cho quá trình gắn RNA polymerase chính xác

vào vị trí khởi đầu phiên mã

Một phần của yếu tố đáp ứng ánh sáng

Yếu tố liên quan đến phản ứng với ánh sáng

Yếu tố đáp ứng abscisic acid

Yếu tố đáp ứng ethylene

Yếu tố đáp ứng gibberellin

Yếu tố đáp ứng auxin

Yếu tố đáp ứng salicylic acid

Yếu tố đáp ứng methyl jasmonate acid

Yếu tố đáp ứng với điều kiện nóng

Yếu tố đáp ứng với điều kiện lạnh

Yếu tố liên quan đến trình tự lặp giàu TC

Yếu tố liên quan đến vị trí bám của MYB - đáp ứng

với điều kiện hạn



ABRE: Abscisic acid responsive element, ERE: Ethylene responsive element, GARE: Gibberellin responsive element, AURE: Auxin

responsive element, SARE: Salicylic acid responsive element, MeJARE: Methyl jasmonate acid responsive element, HSE: Heat stress

element, LTRE: Low temperature responsive element, MBS: MYB binding site.



Khóa luận tốt nghiệp

CNSH4A



24



Lê Hồng Thu Phương D -



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



2.2.3. Phương pháp xây dựng cây phân loại của họ tiểu phần NF-YB ở sắn

- Dự đoán chức năng của tiểu phần NF-YB ở sắn được dựa trên sự

biểu hiện gene và sự tương đồng với các protein đã biết có khả năng chịu

hạn của đậu tương gồm GmNF-YB01, GmNF-YB02, GmNF-YB04,

GmNF-YB09, GmNF-YB15, GmNF-YB19, GmNF-YB24, GmNF-YB27,

GmNF-YB32 (Quach et al., 2015) và A. thaliana AtNF-YB01 (Nelson et

al., 2007).

- Bắt cặp trình tự của các protein MeNF-YB từ sắn, đậu tương và

cây A. thaliana được thực hiện với bẫy khoảng trống là 10 và trị số gia tăng

khoảng cách là 0,2. Cây phân loại được xây dựng bằng phần mềm MEGA

6.0 (Kumar et al., 2016), sử dụng phương pháp Neighbor-Joining.

- Mức độ tin cậy của các nhóm được ước tính bằng cách sử dụng

phân tích bootstrap là 1000 lần lặp lại. Giá trị bootstrap được hiển thị bên

cạnh các phân nhánh. Những thành viên của họ NF-YB ở sắn nếu được xác

định nằm cùng nhánh với NF-YB ở đậu tương và A. thaliana với giá trị

cut-off lớn hơn 50%.

2.2.4. Phương pháp phân tích dữ liệu biểu hiện của các gene mã hóa NFYB ở sắn

- Mã định danh của từng gene mã hóa NF-YB ở sắn được sử dụng để

truy cập vào dữ liệu microarray trong điều kiện thường (Wilson et al., 2017).

- Dữ liệu biểu hiện của các gene thành viên họ gene NF-YB được

khai thác dựa trên nghiên cứu đã được công bố gần đây về ngân hàng biểu

hiện toàn bộ genome trên một số mẫu mô và cơ quan quan trọng trên cây

sắn (GEO accession: GSE82279).

- Trong nghiên cứu này, thông tin biểu hiện của các gene được tập

trung phân tích trên 7 bộ phận, bao gồm mô củ, rễ sợi, thân, chồi bên, lá,

gân lá và cuống lá (Wilson et al., 2017).

- Mức độ biểu hiện của các gene được mơ hình hóa bằng bản đồ nhiệt

trên cơng cụ Microsoft Excel.

Khóa luận tốt nghiệp



25



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN

3.1. Kết quả phân tích đặc tính protein của tiểu phần

NF-YB ở sắn

Mã định danh họ gene NF-YB ở sắn được thu thập từ nghiên cứu

trước (Chu Đức Hà và cs., 2017b). Trình tự amino acid của các protein NFYB được thu thập trên cơ sở dữ liệu Phytozome (Goodstein et al., 2012).

Một số đặc tính cơ bản của họ NF-YB ở sắn được khai thác và tìm kiếm

bằng cách tiến hành truy vấn trình tự protein vào cơng cụ tin sinh học.

Đặc tính của phân tử NF-YB, bao gồm kích thước phân tử, trọng

lượng phân tử, điểm đẳng điện, chỉ số bất ổn định và độ ưa nước được xác

định thông qua công cụ Expasy (Gasteiger et al., 2003). Công cụ Expasy là

cơ sở dữ liệu về hệ thống nghiên cứu phân tích cấu trúc phiên mã

(Gasteiger et al., 2003). Chính vì vậy, đây là cơ sở dữ liệu được hầu hết nhà

khoa học trên thế giới sử dụng để thu thập và khai thác các thông tin cơ bản

của phân tử protein, trong đó có kích thước phân tử, trọng lượng phân tử,

điểm đẳng điện, chỉ số bất ổn định và độ ưa nước của phân tử protein.

Từ kết quả thu thập được có thể giúp đánh giá kích thước, trọng

lượng phân tử, độ ưa nước, khả năng xuất hoặc nhập qua màng để thực

hiện một loạt chức năng điều hòa của các protein này trong tế bào. Qua đó

có thể đưa ra những dự đốn về vị trí cư trú của các protein này trong tế

bào. Kết quả phân tích về đặc tính của protein của tiểu phần NF-YB ở sắn

thu được ở bảng 3.1.

Nhìn vào bảng 3.1 có thể thấy, kích thước và trọng lượng của các

phân tử MeNF-YB khá nhỏ, chỉ từ 135 đến 243 amino acid. Nhìn chung

kích thước protein của họ gene MeNF-YB trung bình đạt 173 amino acid.

Protein MeNF-YB5 có kích thước nhỏ nhất, 135 amino acid; protein

MeNF-YB4 là phân tử lớn nhất, tương ứng với 243 amino acid. Nằm trong

khoảng trên 200 amino acid đến 243 amino acid 3 phân tử gồm MeNFYB4, MeNF-YB14 và MeNF-YB15. 14 phân tử MeNF-YB còn lại có kích

thước dưới 200 amino acid.

Khóa luận tốt nghiệp



26



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Nông học



Khoa



Bảng 3.1. Đặc tính của protein NF-YB ở sắn

STT



Tên protein



L (aa)



mW (kDa)



pI



1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17



MeNF-YB1

MeNF-YB2

MeNF-YB3

MeNF-YB4

MeNF-YB5

MeNF-YB6

MeNF-YB7

MeNF-YB8

MeNF-YB9

MeNF-YB10

MeNF-YB11

MeNF-YB12

MeNF-YB13

MeNF-YB14

MeNF-YB15

MeNF-YB16

MeNF-YB17



172

156

140

243

135

161

179

195

154

141

177

174

161

201

207

182

158



19,45

17,41

15,77

26,76

15,24

18,26

19,78

21,88

17,44

16,13

19,44

18,85

17,78

20,77

23,28

20,11

17,78



5,53

4,69

5,17

8,99

4,73

6,33

6,32

5,65

6,32

5,51

6,10

5,65

9,05

6,38

5,67

4,98

5,82



Chỉ sớ

bất ổn định

45,27

51,53

51,51

55,79

61,50

53,46

40,13

43,06

42,45

39,79

38,76

43,30

45,29

35,81

52,85

35,70

46,30



GRAVY

-0,77

-0,53

-0,92

-0,59

-0,50

-0,83

-0,66

-0,62

-0,79

-0,85

-0,76

-0,66

-0,85

-0,66

-0,84

-0,89

-0,96



L (aa): Kích thước (amino acid), mW: Trọng lượng phân tử (kDa), pI: Điểm đẳng điện, GRAVY: Độ ưa nước



Khóa luận tốt nghiệp

CNSH4A



27



Lê Hồng Thu Phương D -



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



Tỷ lệ thuận với kích thước protein, giá trị trọng lượng phân tử của họ

MeNF-YB cũng không đồng đều, dao động từ 15,24 kDa (MeNF-YB5) đến

26,76 kDa (MeNF-YB4), trong đó khoảng từ 15,24 kDa đến 19,78 kDa

gồm 12 phân tử là MeNF-YB1, MeNF-YB2, MeNF-YB3, MeNF-YB5,

MeNF-YB6, MeNF-YB7, MeNF-YB9, MeNF-YB10, MeNF-YB11,

MeNF-YB12, MeNF-YB13 và MeNF-YB17. Nằm trong khoảng 20,11 kDa

đến 26,76 kDa gồm 5 phân tử, bao gồm MeNF-YB4, MeNF-YB8, MeNFYB14, MeNF-YB15 và MeNF-YB16 (bảng 3.1). Qua những phân tích và

số liệu trên, cho thấy các phân tử MeNF-YB có kích thước và trọng lượng

khá nhỏ, cho thấy độ linh hoạt của các phân tử này, từ điều này có thể gợi ý

rằng các phân tử MeNF-YB có thể dễ dàng được xuất hoặc nhập qua màng

sinh học để thực hiện chức năng trong tế bào, tham gia điều hòa cũng như

đáp ứng với tác động của môi trường.

Mặt khác, giá trị điểm đẳng điện của một phân tử protein đã được

chứng minh có liên quan đến vị trí của protein đó trong tế bào, từ đó có thể

gợi ý chức năng của protein tham gia (Kiraga et al., 2007). Phân tích ba vị

trí dưới tế bào của các protein và thấy rằng trong plastid và proteome ty thể

của thực vật vẫn dư thừa một lượng protein có tính acid. Các tế bào chất và

các proteome màng bao gồm các protein có tính acid và protein cơ bản,

proteome hạt nhân có tỷ lệ tương đối của các protein có tính acid và protein

cơ bản. Các proteome có tính acid mạnh nhất hiện diện khơng chỉ ở tế bào

chất mà còn trong các khơng bào, lysosome và nhiều protein acid tạo thành

khung tế bào (Kiraga et al., 2007). Tóm lại protein có tính acid thường

được phân bố ở tế bào chất, trong ty thể và một số bào quan có màng

thường chứa protein có tính base. Kết quả cho thấy, các phân tử MeNF-YB

có giá trị pI ở trong khoảng từ 4,69 (MeNF-YB2) đến 9,05 (MeNF-YB13).

Các protein nằm trong khoảng từ 4,69 đến 6,38 có tính acid, bao gồm

MeNF-YB1, MeNF-YB2, MeNF-YB3, MeNF-YB5, MeNF-YB6, MeNFYB7, MeNF-YB8, MeNF-YB9, MeNF-YB10, MeNF-YB11, MeNF-YB12,

MeNF-YB14, MeNF-YB15, MeNF-YB16, MeNF-YB17. Các protein này

Khóa luận tốt nghiệp



28



Lê Hoàng Thu Phương D - CNSH4A



Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang

Khoa Nông học



sẽ được vận chuyển ra tế bào chất sau khi được tổng hợp trong nhân. Hai

protein MeNF-YB4 và MeNF-YB13 có pI khoảng base, do đó 2 phân tử

này có thể được bám trên ty thể hoặc các hệ thống có màng.

Tương tự, kích thước protein của họ gene NF-YB trên cây cam ngọt

đã được ghi nhận trước đó (Chu Đức Hà và cs., 2017a) cũng tương đồng

với họ gene NF-YB trên cây sắn. Hầu hết kích thước protein của cam ngọt

đạt từ 78 (CsNF-YB12) đến 335 (CsNF-YB5) amino acid. Duy nhất

protein CsNF-YB1 có kích thước protein lớn hơn nhiều là 587 amino acid

so với các protein còn lại. Điểm đẳng điện của họ NF-YB trên cam ngọt đạt

từ 4,7 (CsNF-YB19) đến 9,7 (CsNF-YB1) gần giống với họ NF-YB trên

sắn (Chu Đức Hà và cs., 2017a).

Ngồi ra trong nghiên cứu này, chúng tơi quan tâm đến độ ưa nước

của các phân tử protein MeNF-YB. Các giá trị GRAVY của MeNF-YB đều

< 0, chứng tỏ rằng các tiểu phần MeNF-YB đều có tính chất ưa nước.

Trước đó, Ning Lei và cộng sự (2017) cũng đã phân tích giá trị GRAVY

của nhóm TF TCP ở sắn. Kết quả cho thấy, các giá trị GRAVY của họ

MeTCP đều < 0, đồng thuận với kết quả của nghiên cứu này (Ning Lei et

al., 2017).

Bên cạnh đó, chỉ số bất ổn định là một chỉ số của protein, được sử

dụng để xác định xem protein có ổn định trong ống nghiệm hay khơng. Nếu

chỉ số nhỏ hơn 40, thì protein đó ổn định trong ống nghiệm còn nếu lớn

hơn 40 thì protein đó khơng ổn định. Theo kết quả phân tích có 4 phân tử

protein MeNF-YB10, MeNF-YB11, MeNF-YB14 và MeNF-YB16 có chỉ

số bé hơn 40 chứng tỏ chúng ổn định trong ống nghiệm. Còn lại 13 phân tử

protein MeNF-YB là không ổn định trong ống nghiệm.

3.2. Kết quả phân tích yếu tố điều hòa cis- trên vùng

promoter của các gene mã hóa tiểu phần NF-YB ở sắn

Để bước đầu dự đốn chức năng và vai trò điều hòa của họ gene mã

hóa NF-YB ở sắn, CRE đã được tìm kiếm trong vùng promoter (1000 bp

trước vị trí mã mở đầu) của từng gene tương ứng. Các yếu tố điều hòa nằm

Khóa luận tốt nghiệp



29



Lê Hồng Thu Phương D - CNSH4A



Tài liệu bạn tìm kiếm đã sẵn sàng tải về

Nhìn chung, các giống sắn khác nhau có thể được phân biệt qua đặc điểm hình thái trên một số cơ quan chính, bao gồm lá đỉnh, lá trưởng thành, thân, rễ (Chu Đức Hà và cs., 2015). Một số đặc điểm hình thái được đánh giá là ổn định và hầu như ít th

Tải bản đầy đủ ngay(0 tr)

×