Tải bản đầy đủ - 0 (trang)
BÌA LÓT KHÓA LUẬN.pdf

BÌA LÓT KHÓA LUẬN.pdf

Tải bản đầy đủ - 0trang

VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI



KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC



LỜI CẢM ƠN

Em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới giảng viên hướng dẫn - TS.

Nguyễn Thị Trung - người đã định hướng nghiên cứu, tận tình giúp đỡ em

trong quá trình thực hiện đề tài.

Em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới GS.TS Trương Nam Hải, TS.

Đỗ Thị Huyền - Trưởng phòng Kỹ thuật di truyền, Th.S Lê Ngọc Giang nghiên cứu sinh phòng kĩ thuật di truyền, cùng tồn thể các cơ (chú), anh (chị)

kỹ thuật viên Phòng kỹ thuật di truyền đã tận tình giúp đỡ, tạo mọi điều kiện

tốt nhất để giúp em hoàn thành đề tài này.

Em cũng xin gửi lời cảm ơn chân thành tới các thầy (cô) giáo khoa

Công Nghệ Sinh Học, trường Viện Đại Học Mở Hà Nội đã truyền đạt cho em

những kiến thức quý báu trong thơi gian học tập vừa qua.

Trong quá trình nghiên cứu đề tài, do thời gian thực tập có hạn, kiến thức

của em còn hạn chế nên báo cáo của em khơng tránh khỏi những thiếu sót

nhất định. Em rất mong nhận được sự đóng góp ý kiến của giảng viên hướng

dẫn – TS. Nguyễn Thị Trung, các thầy (cô) giáo khoa Công Nghệ Sinh Học

trường Viện Đại học Mở Hà Nội và các cơ chú, anh chị kỹ thuật viên phòng

kỹ thuật di truyền để bài viết của em được hoàn thiện hơn.

Em xin chân thành cảm ơn !

Hà Nội, ngày 09 tháng 05 năm 2017

Sinh viên



Vũ Trường Đức



Vũ Trường Đức – 1302.K20



Khóa luận tốt nghiệp



VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI



KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC



MỤC LỤC

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ................................................................ I

DANH MỤC CÁC BẢNG............................................................................... II

DANH MỤC CÁC HÌNH ............................................................................... III

LỜI MỞ ĐẦU ................................................................................................... 1

PHẦN 1: TỔNG QUAN .................................................................................. 3

1.1 Khái quát về xylan 1-4 beta xylosidase .................................................. 3

1.1.1 Định nghĩa ........................................................................................ 3

1.1.2 Phân loại ........................................................................................... 3

1.1.3 Hoạt tính của xylan 1-4 beta xylosidase .......................................... 4

1.1.4 Cấu trúc của xylan 1-4 beta xylosidase............................................ 4

1.1.4.1 Cấu trúc bậc I của xylan 1-4 beta xylosidase............................ 4

1.1.4.2 Cấu trúc bậc II của xylan 1-4 beta xylosidase .......................... 4

1.1.4.3 Cấu trúc bậc 3 của xylan 1-4 beta xylosidase ........................... 5

1.1.4.4 Cấu trúc bậc IV của xylan 1-4 beta xylosidase ......................... 7

1.2 Khái quát về các enzyme hoạt hóa carbohydrate (CAZy) ...................... 8

1.2.1 Khái niệm các enzyme hoạt hóa carbohydrate (CAZy) ................... 8

1.2.2 Lịch sử phát triển của các enzyme hoạt hóa carbohydrate .............. 8

1.3 Khai thác cơ sở dữ liệu các gen .............................................................. 9

1.3.1 Khai thác dữ liệu từ Ngân hàng Gen quốc tế ................................... 9

1.3.1.1 Khái niệm về cơ sở dữ liệu các gen .......................................... 9

1.3.1.2 Phương pháp tìm kiếm thơng tin về các gen............................. 9

Vũ Trường Đức – 1302.K20



Khóa luận tốt nghiệp



VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI



KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC



1.3.1.3 Một số phần mềm hỗ trợ tìm kiếm thơng tin về các gen .......... 9

1.3.2 Sử dụng Probe ................................................................................ 10

1.3.2.1 Khái niệm Probe...................................................................... 10

1.3.2.2 Cấu trúc của probe .................................................................. 11

1.3.2.3 Phương pháp xây dựng probe ................................................. 11

1.4 Cơ sở dữ liệu DNA metagenome của vi sinh ruột mối ......................... 12

PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU........................ 13

2.1 Vật liệu nghiên cứu ............................................................................... 13

2.1.1 Đối tượng nghiên cứu .................................................................... 13

2.1.2 Thiết bị nghiên cứu ........................................................................ 13

2.2 Phương pháp nghiên cứu....................................................................... 13

2.2.1 Xác định các họ GH có chứa enzyme xylan 1-4 beta xylosidase

theo CAZy ............................................................................................... 13

2.2.2 Tìm kiếm các trình tự axit amin của enzyme xylan 1-4 beta

xylosidase đã được xác định đặc tính ..................................................... 14

2.2.3 Xác định mức độ tương đồng của các trình tự bằng ClustalW PBIL ........................................................................................................ 15

2.2.4 Xây dựng probe và giá trị tham chiếu ............................................ 16

2.2.5 Khai thác trình tự mã hóa xylan 1-4 beta xylosidase từ dữ liệu

DNA metagenome của vi sinh vật trong ruột mối .................................. 17

PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ...................................................... 18

3.1 Các họ GH có chứa enzyme xylan 1-4 beta xylosidase theo CAZy ..... 18



Vũ Trường Đức – 1302.K20



Khóa luận tốt nghiệp



VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI



KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC



3.1.1 Số lượng họ GH có chứa enzyme xylan 1-4 beta xylosidase theo

CAZy ....................................................................................................... 18

3.1.2 Cấu trúc đặc trưng của một số họ GH có chứa enzyme xylan 1-4

beta xylosidase theo CAZy ..................................................................... 19

3.2 Trình tự axit amin của enzyme xylan 1-4 beta xylosidase đã được xác

định đặc tính ................................................................................................ 20

3.3 Mức độ tương đồng của các trình tự axit amin ..................................... 26

3.4 Xây dựng probe và giá trị tham chiếu ................................................... 27

3.5 Khai thác trình tự mã hóa cho enzyme xylan 1-4 beta xylosidase bằng

probe từ dữ liệu DNA metagenome của vi sinh vật trong ruột mối ........... 29

3.6 Khảo sát cấu trúc bậc 3 của các trình tự axit amin của enzym xylan 14 beta xylosidase được khai thác bằng probe.............................................. 32

PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ...................................................... 38

4.1 Kết luận ................................................................................................ 38

4.2 Kiến nghị ............................................................................................... 38

TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................... 39



Vũ Trường Đức – 1302.K20



Khóa luận tốt nghiệp



VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI



KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC



BẢNG KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

Chữ viết tắt

BLAST



Chú thích

Basic Local Alignment Search Tool



CAZy



Carbohydrate-Active enZymes



DNA



Deoxyribonucleic acid



EC



Enzym classes



GH



Glycoside Hydrolases



NCBI



National Center for Biotechnology Information



RNA



Ribonucleic acid



Vũ Trường Đức – 1302.K20



I



Khóa luận tốt nghiệp



VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI



KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC



DANH MỤC CÁC BẢNG



Bảng 3.1 Các họ GH chứa enzyme xylan 1-4 beta xylosidase theo

CAZy.

Bảng 3.2 Tổng hợp dữ liệu đã được nghiên cứu chi tiết về xylan 1-4

beta xylosidase.

Bảng 3.4 So sánh tương đồng giữa probe với các trình tự thuộc

GH43.

Bảng 3.5.1 So sánh số lượng trình tự khai thác bằng probe với dự

đoán của BGI.

Bảng 3.5.2 So sánh số lượng trình tự khai thác bằng probe với dự

đốn của BGI.

Bảng 3.6 Ước đoán cấu trúc bậc ba của các trình tự bằng Swiss Prot.



Vũ Trường Đức – 1302.K20



II



18



20



28



29



31



33



Khóa luận tốt nghiệp



Tài liệu bạn tìm kiếm đã sẵn sàng tải về

BÌA LÓT KHÓA LUẬN.pdf

Tải bản đầy đủ ngay(0 tr)

×